1928年6月,国民政府委员会委员经亨颐提案废除故宫博物院、成立逆产处理委员会处理并变卖故宫文物、建议在南京另设“国立中央博物院”,后来在古物保管委员会委员长张继的反对下,使经亨颐的前两项计划无法成功。同一时间派易培基接收故宫博物院,公布《故宫博物院组织法》与《故宫博物院理事会条例》,隔年2月接任第一任院长。
抗战南迁故宫博物院于抗日战争的前夕,选择重要文物南迁。
1931年,日本发动九一八事变侵占东北后,国民政府开始计划将博物院文物南运。隔年,日军攻占热河、进逼北平,故宫理事会要求博物院选择院藏文物菁华装箱储置,开始南运。
1933年2月6日,北平戒严,华北情势告急,第一批南迁文物抵达上海,期间南迁文物共五批19,557箱,包含古物陈列所、颐和园、国子监等单位文物的6,066箱。隔年2月,公布《国立北平故宫博物院暂行组织条例》,故宫改隶行政院,命马衡为院长。
1936年12月,南迁文物由上海转运南京。
1937年1月,故宫博物院南京分院(中央博物院)正式成立。8月,上海爆发淞沪会战,南迁文物再由等人第一批80箱南京文物迁至长沙;隔年11月再转运至贵阳安顺暂置(1944年再运往四川巴县)。
南迁文物在太和门广场上聚集
1937年11月,第二批9,369箱以水路,经由长江至汉口;1939年5月再移往宜昌、重庆至四川乐山。第三批7,286箱文物由那志良走陇海铁路运至宝鸡;1939年7月,再转卡车经汉中运抵成都,随后又运往峨眉古庙安置,成立故宫博物院峨眉办事处。最后南迁至南京的文物,约2,900箱文物因来不及运送,滞留在南京。北平沦陷后,北平故宫仍留有许多文物,沦陷期间还在继续清点未曾登记的文物,并又广泛征集了一批珍贵文物。南京国民政府下令还在北平的故宫博物院院长马衡,将留在文物菁华装箱,分批空运南京,马院长以各种理由推延装箱,以致于后来一箱也未运走。
文物迁台抗战结束后,杭立武向日本索回许多珍贵的图书和艺术品,随后运往台湾的精品文物之中就有这部分图书和艺术品。包含了北平故宫博物院2,972箱,中央博物院852箱书画、瓷器、玉器,另外加上国立北平图书馆的善本图书和外交部条约档案等共5,422箱。国共内战后期,杭立武负责抢运这批故宫国宝至台湾,迁运台湾的文物本来计划共运送五次,但因战争形势突变一共只运了三次。
1945年,抗日战争胜利后,南迁文物先集中运至重庆。
1947年6月,南迁文物由重庆循水路运回南京,至12月全数运抵。
1948年人民解放战争胜利在即,国民政府令故宫博物院挑选贵重文物以军舰转运台湾。国民政府将故宫博物院南迁文物、国立中央博物院筹备处文物、国立中央图书馆善本图书、中央研究院历史语言研究所考古文物、外交部档案开始运往台湾,成立“中央文物联合保管处”。12月27日,第一批文物320箱由中鼎舰运抵基隆港。原故宫博物院文物分3批运走2972箱。一起运台的还有中央博物院筹备处文物852箱及其他单位文物。文物运台后,先存台中市,租借台中市糖厂仓库存放。
1949年,1月6日第二批由招商局海沪轮于1月6日运出,1月9日到达基隆,共计1,680箱。第三批文物由昆仑号军舰于1月29日运出,2月22日运抵基隆港,共972箱;第三次原本计划搬运1,700箱,但军舰一到海军部眷属就抢先上船,杭立武只好找海军司令桂永清解决,最后下令拆除办公桌,但由于运输舰舱位有限,最后只能运出972箱,另728箱被迫留在南京。为阻止文物迁台,南京中央博物院共产党员陶孟和曾发动群众阻止,但未成功。
西迁文物在川陕公路上艰苦运输的情景
1949年8月23日,文物迁入台中县雾峰乡吉峰村,并成立“国立中央博物图书院馆联合管理处”,隶属于教育部,由杭立武部长兼任主任委员,并于台中县雾峰乡北沟觅地建筑库房(隔年4月落成,文物随即迁入)。11月,战时河南省存放在重庆中央大学柏溪分校的68箱出土文物,亦抢运到台湾并存放在台中市糖厂仓库。
1950年4月,台中郊外雾峰乡吉峰村仓库落成,运台文物随即迁入新库存贮。
1951年6月,成立两院存台文物清点委员会,延聘学者、专家为委员,进行重编箱号、抽查箱内文物,直到1954年才完成。这次清点也编制了《点查清册》,成为存台两院文物的原始清册。
1954年,“国立中央图书馆”在台北复馆,联管处改组,并开始出版重要资料。
1956年,“北沟文物陈列室”正式开放(后毁于九二一地震)。
1957年,在亚洲协会赞助下,在库房之外又建一小型陈列室,公开展览所藏文物。
台北故宫博物院
1965年,台北市士林区外双溪现址落成新址为纪念孙中山先生百岁诞辰,命名为中山博物院。台湾当局“行政院”公布了《国立故宫博物院临时组织规程》,规定设置“国立故宫博物院”,改直属于“行政院”。“中央博物院筹备处”文物由故宫博物院保管使用,将来国家统一后,迁台文物仍交回原博物院。“中央博物院”归并故宫博物院后,故宫博物院全部文物由台中运至台北中山博物院,以此作为院址,1965年11月12日正式开幕。至此,运台文物才得到一个适当的保存环境。运台文物主要为书画、铜器、瓷器、玉器、漆器、珐琅、雕刻、文具、图书、文献及其他工艺品,初为230863件,“中央博物院”并入后,增至242592件。连同整理后的档案30余万件及受赠、收购1万余件。其中,后来运往台湾2,972箱,占原南迁文物箱件数的22%。
1969年,订定《国立故宫博物院藏品征集办法》,在台湾展开增加藏品的行动。1967年-2008年8月期间,透过其它机关移交1,651件,受赠32,326件册,收购12,751件册,合计46,728件册。