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抗战南迁
故宫博物院于抗日战争的前夕，选择重要文物南迁。
1931年，日本发动九一八事变侵占东北后，国民政府开始计划将博物院文物南运。隔年，日军攻占热河、进逼北平，故宫理事会要求博物院选择院藏文物菁华装箱储置，开始南运。
1933年2月6日，北平戒严，华北情势告急，第一批南迁文物抵达上海，期间南迁文物共五批19,557箱，包含古物陈列所、颐和园、国子监等单位文物的6,066箱。隔年2月，公布《国立北平故宫博物院暂行组织条例》，故宫改隶行政院，命马衡为院长。
1936年12月，南迁文物由上海转运南京。
1937年1月，故宫博物院南京分院（中央博物院）正式成立。8月，上海爆发淞沪会战，南迁文物再由庄尚严等人第一批80箱南京文物迁至长沙；隔年11月再转运至贵阳安顺暂置（1944年再运往四川巴县）。
1937年11月，第二批9,369箱以水路，经由长江至汉口；1939年5月再移往宜昌、重庆至四川乐山。第三批7,286箱文物由那志良走陇海铁路运至宝鸡；1939年7月，再转卡车经汉中运抵成都，随后又运往峨眉古庙安置，成立故宫博物院峨眉办事处。最后南迁至南京的文物，约2,900箱文物因来不及运送，滞留在南京。 北平沦陷后，北平故宫仍留有许多文物，沦陷期间还在继续清点未曾登记的文物，并又广泛征集了一批珍贵文物。南京国民政府下令还在北平的故宫博物院院长马衡，将留在文物菁华装箱，分批空运南京，马院长以各种理由推延装箱，以致于后来一箱也未运走。
文物迁台
抗战结束后，杭立武向日本索回许多珍贵的图书和艺术品，随后运往台湾的精品文物之中就有这部分图书和艺术品。包含了北平故宫博物院2,972箱，中央博物院852箱书画、瓷器、玉器，另外加上国立北平图书馆的善本图书和外交部条约档案等共5,422箱。国共内战后期，杭立武负责抢运这批故宫国宝至台湾，中华民国政府迁运台湾的文物本来计划共运送五次，但因战争形势突变一共只运了三次。
1945年，抗日战争胜利后，南迁文物先集中运至重庆。
1947年6月，南迁文物由重庆循水路运回南京，至12月全数运抵。
1948年人民解放战争胜利在即，国民政府令故宫博物院挑选贵重文物以军舰转运台湾。国民政府将故宫博物院南迁文物、国立中央博物院筹备处文物、国立中央图书馆善本图书、中央研究院历史语言研究所考古文物、外交部档案开始运往台湾，成立“中央文物联合保管处”。12月27日，第一批文物320箱由中鼎舰运抵基隆港。原故宫博物院文物分3批运走2972箱。一起运台的还有中央博物院筹备处文物852箱及其他单位文物。文物运台后，先存台中市，租借台中市糖厂仓库存放。
1949年，1月6日第二批由招商局海沪轮于1月6日运出，1月9日到达基隆，共计1,680箱。第三批文物由昆仑号军舰于1月29日运出，2月22日运抵基隆港，共972箱；第三次原本计划搬运1,700箱，但军舰一到海军部眷属就抢先上船，杭立武只好找海军司令桂永清解决，最后下令拆除办公桌，但由于运输舰舱位有限，最后只能运出972箱，另728箱被迫留在南京。 为阻止文物迁台，南京中央博物院共产党员陶孟和曾发动群众阻止，但未成功。
1949年8月23日，文物迁入台中县雾峰乡吉峰村，并成立“国立中央博物图书院馆联合管理处”，隶属于教育部，由杭立武部长兼任主任委员，并于台中县雾峰乡北沟觅地建筑库房（隔年4月落成，文物随即迁入）。11月，战时河南省存放在重庆中央大学柏溪分校的68箱出土文物，亦抢运到台湾并存放在台中市糖厂仓库。
1950年4月，台中郊外雾峰乡吉峰村仓库落成，运台文物随即迁入新库存贮。
1951年6月，成立两院存台文物清点委员会，延聘学者、专家为委员，进行重编箱号、抽查箱内文物，直到1954年才完成。这次清点也编制了《点查清册》，成为存台两院文物的原始清册。
1954年，“国立中央图书馆”在台北复馆，联管处改组，并开始出版重要资料。
1956年，“北沟文物陈列室”正式开放（后毁于九二一地震）。
1957年，在亚洲协会赞助下，在库房之外又建一小型陈列室，公开展览所藏文物。
台北建馆
1965年，台北市士林区外双溪现址落成新址为纪念孙中山先生百岁诞辰，命名为中山博物院。台湾当局“行政院”公布了《国立故宫博物院临时组织规程》，规定设置“国立故宫博物院”，改直属于“行政院”。“中央博物院筹备处”文物由故宫博物院保管使用，将来国家统一后，迁台文物仍交回原博物院。“中央博物院”归并故宫博物院后，故宫博物院全部文物由台中运至台北中山博物院，以此作为院址，1965年11月12日正式开幕。至此，运台文物才得到一个适当的保存环境。运台文物主要为书画、铜器、瓷器、玉器、漆器、珐琅、雕刻、文具、图书、文献及其他工艺品，初为230863件，“中央博物院”并入后，增至242592件。连同整理后的档案30余万件及受赠、收购1万余件，目前共有60万件。其中，后来运往台湾2,972箱，占原南迁文物箱件数的22%。
1969年，订定《国立故宫博物院藏品征集办法》，在台湾展开增加藏品的行动。1967年-2008年8月期间，透过其它机关移交1,651件，受赠32,326件册，收购12,751件册，合计46,728件册。
1989年，“国立故宫博物院管理委员会”聘请社会学者、专家四十余人组成委员小组，再次进行全院藏品文物的清点检验，至1991年5月完成。此次完成了藏品文物登录号签张贴，文物建卡照片摄照以及文物保存状况的了解。
2000年台湾地区政党轮替后，台湾“中央研究院”院士杜正胜接任院长，以去政治化、推动本土、中华与国际兼具之多元文化观，回归艺术文化本质经营国立故宫博物院。在此政策指引下，馆藏方向朝扩大至东南亚、南太平洋文物的趋势，以呼应台湾原住民与南岛文化的传承关系。
2002年，台湾当局“行政院”通过改建案。
2006年，改建后故宫随建筑更新推出“Old is New”概念，以行销方式推广典藏。参考法国国际博物联合会影像授权办法，援用文资法第六十九条规定，制定影像授权收费规定。
2007年，台湾当局“行政院”提出修正故宫组织条例，将收藏“中国”文物改为“国内外文物”，被立法院否决。
2009年2月14日，台北故宫博物院院长周功鑫带团赴中国大陆访问北京故宫博物院，首度开启两岸故宫交流，而北京故宫也在3月份访台。10月在台北故宫举办的“雍正大展”，将成为两岸故宫合作的试金石
2009年3月1日，北京故宫博物院院长郑欣淼率团抵达台北，他们此行将专程访问台北故宫博物院，这也是对半个月前周功鑫以台北故宫博物院院长身份首访北京故宫的回访。
