当时川中百姓被屠杀一空,据《明会要》卷五十记载:明万历六年(1578年)四川有“户二十六万二千六百九十四,口三百一十万二千七十三”,到清康熙二十四年(1685年)就陡减至“一万八千零九十丁”。一些四川县志上的户口记载也可以说明,如民国《温江县志》卷一记载:温江县在张献忠死去十三年后仅存三十二户。经过这一次劫难,可以说如今没有几个四川人是土生土长的。当时的民谚说:“岁逢甲乙丙,此地血流红”,“流流贼,贼流流,上界差他斩人头。若有一人斩不尽,行瘟使者在后头。”平民被杀完了,张献忠就派心腹去士兵中间窃听,士兵偶有怨言,就会全家被杀。
张献忠为什么要将四川人杀之一空?有个荒诞不羁的说法是因为当时的四川人过于奢靡淫逸,因而上天降怒,让张献忠杀尽四川平民。当时蜀中妇女的裙子,都是在白罗上用红丝碧线绣成风流的香艳诗句,然后飘若惊魂地在市井间盈盈经过,路上行人都注视着绣裙上的文字。另外蜀中女子流行穿一种高底、厚约三四寸的绣鞋,鞋跟是用檀木雕琢而成,里面藏着香檀雕的花蕾,并放入香末,高底鞋跟下开个小孔,每走一步,足底就会漏出一朵花状的香末。因为张献忠的肆虐,后来的四川女子或许美艳的还有,但再也没有以前的那种诗意盎然的风流韵致了。
川中自从遭到张献忠的杀戮,城内都杂树成拱,野狗吃起人肉像虎豹那样的凶猛,在路上咬死人,不吃干净就走了。百姓逃到深山中,穿着草编的衣服,遍体都生了毛。顺治三年(1646年),在四川已经赤地千里之后,张献忠向陕西进发,企图与清军争夺西安。他焚烧了成都的宫殿庐舍,率众出川北进,又想尽杀川兵。属下的将军刘进忠统率川兵,听到这个消息逃跑了。在盐亭界凤凰坡,张献忠被清兵捕获斩首。当清军到达成都府时,整个成都只剩下不到二十户人。
清代彭遵泗所写的四卷《蜀碧》记述了张献忠在四川时的所作所为,书前作者自序说全书是他根据幼年所听到的张献忠遗事及杂采他人的记载而成。当时的西洋传教士也有相关的记载。
张献忠的残忍或许让人难以接受,其实这是游民的最真实一面。王学泰先生在《游民文化与中国社会》中指出:游民不同于农民,历代王朝末世乱局中的许多起义者都是游民而绝非农民。而且张献忠与腐朽的明朝政府为敌,缺少切实的目的。他占领一个地方然后再放弃,转移到另一个地方,并且不停地杀戮,如此才使他的毫无目标的行为具有存在下去的活力。