第三个发展趋势是恐怖主义化。1997年,中亚地区的“东突”分裂组织召开会议,批判了“和平斗争”主张,从此走向了暴力化。1999年12月,来自18个国家的40多个分裂组织代表在土耳其伊斯坦布尔召开会议,确立了暴力“建国”的方针,并就“武装夺取政权”达成共识。计划在十年内建立一支人数在万人以上的正规军队,在新疆地区实施恐怖战、游击战,甚至正规战。在阿富汗、车臣、克什米尔等地的战场上,到处可以看见参加实战锻炼的维吾尔恐怖分子。如2000年两名“东突”分裂组织成员在车臣战争中被俄罗斯军队俘虏,遣返中国;2000年8月又参与在乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦南部山区,袭击当地政府军的恐怖活动。现在美国在古巴的集中营中,还有维吾尔族的恐怖主义分子在里面。东突武装暴力化的过程中,前苏联流出的武器和来自沙特的美元起了关键作用。截至目前,中国警方已抓获 100多名曾在阿富汗及其它国家接受过恐怖活动训练秘密潜入新疆的恐怖分子。有关国家也向中方引渡、移交了10多名在恐怖活动中被抓获的“东突”恐怖分子。